Prof. Stoneking houdt zich bezig met veel verschillende aspecten van de humane evolutie. De oorsprong van de moderne mens en zijn migratie over de aarde heeft de speciale belangstelling. Samen met zijn promotor Allan Wilson en een collega onderzoekster Rebecca L. Cann, droeg Mark in 1987 bij aan de zogenoemde Out of Africa theorie door de introductie van het concept van de Mitochondriale Eva, een hypothetische gemeenschappelijke oermoeder van alle levende mensen.

Na zijn promotie in 1986 aan de University van California was Mark Stoneking hoogleraar anthropologie aan de Pennsylvania State University. Vervolgens kwam hij als gasthoogleraar naar München en sinds 1999 is hij divisieleider in het Max Planck Instituut voor Evolutionaire Anthropologie in Leipzig en Honorair Hoogleraar Biologische Anthropologie aan de Universiteit van Leipzig, Duitsland.

Hoogleraren die de Eugène Dubois wisselleerstoel bezetten worden benoemd in twee faculteiten om in eerste instantie masterclasses en publiekslezingen te geven. Mark Stoneking is benoemd in de Faculty of Health, Medicine and Life Sciences (FHML) en de Faculty of Humanities and Sciences (FHS). Omdat hij de auteur is van het eerste leerboek op het gebied van de moleculaire anthropologie is dit het onderwerp van de eerste serie masterclasses, die door het Onderzoeksinstituut GROW in het voorjaar georganiseerd zijn in de FHML. In september keert hij terug voor een tweede bezoek waarbij de nadruk ligt op FHS.