Heeren staat bekend als een uitstekende docent in analytische chemie, massaspectrometrie en de onderliggende fysica. Hij heeft> 60 PhD-studenten en postdoctorale fellows begeleid, van wie velen prestigieuze prijzen hebben ontvangen (zoals NWO-Vidi, ERC-beurzen) en nu hun eigen labs leiden of sleutelposities bekleden in de industrie - een voorbeeld van zijn onderwijs en mentorschap vaardighede. Momenteel begeleidt hij master- en PhD-studenten aan de UM, de Vrije Universiteit en de Universiteit van Amsterdam. Hij wordt vaak gevraagd om colleges te geven over beeldvormende massaspectrometrie, ook op internationale MS-scholen georganiseerd door de IMSF, wat hij met aanstekelijk enthousiasme doet. Zijn tutoriallezing op zondagavond over Imaging MS op de jaarlijkse ASMS-conferentie van 2014 wordt nog steeds gerefereerd door velen binnen en buiten het veld. Hij maakt deel uit van het organiserend comité van de jaarlijkse massaspectrometrie in de biomedische zomercursus in Dubrovnik (nu in het twaalfde jaar), waar hij lesgeeft en studenten inspireert om te netwerken en zich voor te bereiden op een carrière in MS. Als oprichter en directeur van M4I (2014) bouwde hij de Imaging Mass Spectrometry-divisie om baanbrekend onderzoek uit te voeren en de volgende generatie wetenschappers op te leiden. Hij heeft bijgedragen aan het opzetten en ontwerpen van een track moleculaire beeldvorming in de masteropleiding Biomedical Sciences en is nauw betrokken bij de oprichting van een nieuwe masteropleiding Molecular Imaging and Engineering aan de UM. Samen met zijn team heeft hij talloze hands-on beeldvormende MS-workshops georganiseerd.

De educatieve bijdrage van Heeren reikt verder dan de academische onderzoeksgemeenschap en hij betrekt het grote publiek regelmatig: hij organiseert open huisevenementen in het lab om zijn werk te delen, is te zien in talloze artikelen op YouTube en sociale media die de mogelijkheden van MS promoten en hield een TEDx Maastricht-lezing op het nieuwe begin van kankerchirurgie.

Heeren en zijn team ontwikkelden verschillende leermiddelen voor basisscholen en middelbare scholen die resulteerden in een educatieve publicatie in JASMS (2013).. Hij geeft lezingen op Nederlandse middelbare scholen en organiseert enthousiast hands-on demonstraties in wetenschappelijke projecten.